
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于抗体阳性种群特男人、寡核苷酸呈现费用慷慨激昂或进行环节缜密。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯副教授团对在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个高产出预算、跨鱼类、全网络平台兼容的全新解决方案。
期刊杂志概况
Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由国家人小学科海瑞朗遗传性基因基因性与成长发育海洋植物学学习所和国家人遗传性基因基因性能够协办的全球学术讨论讨论刊物,努力于新闻报导生命图片小学数学和中医药学遗传性基因基因性学各个层面的亿人性学习科技成果。JGG 2028年度反应成分7.1,Scopus学术讨论讨论刊物如何评价指数公式CiteScore 9.9,排第JCR 2028年度GENETICS & HEREDITY各个层面Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY各个层面Q1区,排第国家人小学科海瑞朗刊物区分海洋植物学大类目1区(Top刊物),遗传性基因基因性学和什么是生化与大分子海洋植物学小类双1区。BIOPROFILE
那些是HEATag
巧用的“二三合一”设计
HEATag是由凝集素和HUH内切酶制成的融和核蛋白
「位置器」控制器 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化体现(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「连结器」接口 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)数据库索引条型码来共价拼接。
“1+1>2”的成效:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行样板箭头与溯源系统。
Fig1: HEATag多种记号原里提示图
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实战演练检验员
HEATag终究有大多能打?
能在有所不同具体条件下,实现目标哺乳期绿色上皮组织系单上皮组织混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。研发技术团队为 HEATag 设制了多轮 “压力差测试图片”,从生殖肿瘤细胞系到生殖肿瘤细胞质,从恒温到恒温,从新鲜模本到固定不动模本,全坐向查验它的安全稳定义和牢靠性。
一、轮各种测试对於喂奶昆虫生殖癌血细胞系:科研员使用了来于人、鼠、仓鼠二个植物动物群的四个生殖癌血细胞(HEK293T、K562、MEF、CHO),在在常温下要 HEATag 图标后结合测序。进而二手回收的 11447 个生殖癌血细胞中,85.66% 都能在 HEATag 方形码正确自动匹配到原植物动物群,样表间是交叉弄脏极低,UMAP 聚类概述法概述也是马上介绍信,HEATag 方形码与植物动物群特喜欢的人遗传基因组特殊性较高不同。 完了,测评必备要求进步升到:论述拜谱生物试用在 4℃下标志新鮮组织组织、在制冷下标志甲醇放置组织组织,还立即标志组织组织核。效果仍然精彩:任何必备要求下,样例标签设计与动物群内容均具备更好的涉及到性,拆成正确率超 95%。虽然甲醇放置会会导致中度的转录本交差影响,组织组织核光催化原理产生几瓶 RNA 流失率,组织组织方式的引用效果仍然与新鮮样例持续不对,验证 HEATag 不错标志有所差异补救必备要求下的研究样例。
Fig2: HEATag 可在各不相同经济条件下完毕单細胞转录组混样讲解
可能标识哺乳期家禽和海洋资源无脊椎神经家禽的原代人体细胞
但之所以内部系測試是 “条件题”,那聚集样板还是 “额外添加题”, 此类样板正好因内部的类型很复杂、生态环境应用性唯一性,成为了标记图片的技术的 “突破点”,而 HEATag 正好在此类 “突破点” 上凸显了其优势。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸策划 ,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞不只是能被更准确判断,很多具体受损细胞类行的聚类分析可是都模糊可辨。
更令人惊喜的是HEATag对深海生态学的替换性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 条状码与动物群转录组兼有较高同步性,如果没有会导致因高盐坏境会导致的 “记号不起作用”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可进行喂母乳小动物安排子样本各种方面 scRNA-seq 了解
Fig4: HEATag可完成刚采海上无脊梁骨两栖动物多个 scRNA-seq 讲解
HEATag与受损细胞的整合不是激发转录组的同质性更改
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在来完成标上目标任务的此外,都不会对随后的转录酚类化合物析引致抑制,衡量了研究方案数剧的逼真性。
Fig5: HEATag不用影响到子样本的 RNA 表达出玩法
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未来发展可期
HEATag 能为单上皮细胞探索引来啥子?
HEATag 的價值,远不是于 “化解标上原因”,它的灵活机动性和共通性,将要为单受损细胞学习张开太多或者性
从操作游戏场景去看
HEATag 能覆盖率从 “简简单单非常分享”(如癌结构与正常人结构、药物剂量补救与比较)到 “大型性研发”(如结构组织图谱绘出、mtk量建立)的全超范围要求。近年来 PIP-seq、Stereo-cell 等新形可优化新技术的趋势,HEATag 还能进一部加强单组织研发的通量,帮助教育科研微商团队组织开展大些型性的好项目。从跨领域能力看来
HEATag 不只是选使用于转录组学,还能与表观表观遗传组学、球蛋白质含量组学、前景组学等新技巧结合实际,确认高端定制检索和寡核苷酸字段,HEATag 还不错放松融于各种不同的组学注意事项,不会影响移动信号阻止深层次。同样,特征提取HEATag还还不错發展单体细胞糖组学论述新技巧。BIOPROFILE
协议最新
拜谱微生物与陈凯教学确立首次企业合作有意向的客户
有必要私信的是,在 HEATag 技能展显现出出比较大系统适用潜能的大环境下,拜谱生态学已与南方城市大海合理与项目四川检测室(成都)陈凯院士已达成阶段战略合作购房意向。对方年度计划强调 HEATag 技能的第三全产业链完美落地、教学科研开发项目变为等方向上实现深层协调,推动了这个低人工成本、跨外来物种的单血癌内部箭头技能迅速系统适用于实际效果教学科研开发项目场地,为很多检测室能提供有效率、经济能力的单血癌内部的研究产品,肋力教学科研开发项目运笔者在血癌内部生态学学、大海生态学学、疾病症状制度等行业领域提供很多强化