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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已屏幕上显示出广泛的的海洋生物化学活化，分为抗癌症和抵抗疾病毒做用。常，三萜是用甲羟戊酸有效途径自动合成的，并从非天然绿色植物和真菌孢子中导入。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊出了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的调查文献。该调查发现了三萜类化学物质野生野生灵芝酸（GA）是实现夜体的培养的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微菌物应用造成的。经过转录组和淀粉酶质组学工艺进一点探究无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT造成有两种灵芝粉粉酸（GA）的策略，并选择几组学工艺测试到的不一致性基因遗传和不一致性淀粉酶，得出DHT 微菌物结合 GA 的途经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和作用类型

完成对无柄灵芝粉病菌菌丝体采取转录组测序共达到67230个转录本和1429九个单遗传DNA。在以上单遗传DNA中，496个被判定为之间的关系抒发遗传DNA（DEGs），至少213个抒发上涨，279个抒发再降（图1A）。GO海洋生物聚集讲解后，DEGs可分成海洋生物阶段（BP）、血血细胞组成成分（CC）和原子核模块（MF）3类。在BP品目中，存在了前3个子品目：四环素溶解分泌阶段，醋酸钠盐分泌阶段和甲酸盐分泌阶段;而在CC品目中，血血细胞外区、突触包覆体、突触空间结构是前3个亚类。我们对MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、腐蚀完美重现酶特异性和酸氨（或酰胺）链接酶特异性是前3个亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG径路讲解中，前30条海洋生物聚集度较高的径路含有27条归于分泌，至少二氧化氮分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌信号灯径路可观海洋生物聚集（图1D）。

图1|转录类物质析和用途几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄虫草细菌菌丝体选择营养物质质组学概述，总计选择了16,457种独有肽、2606种营养物质质和2588种按量营养物质质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立前提下，在这里2606种营养物质质中，94种被司法鉴定为距离表明爱营养物质（DEPs），这当中52种上浮，42种下跌（图2A），图2C信息展示了距离表明爱营养物质的聚类算法概述热图。从GO概述看到，BP种类信息展示，大部分数DEPs加入醋酸钠盐吸附拆解操作进程中、抗菌药吸附吸附拆解操作进程中和药剂吸附吸附拆解操作进程中。CC类DEPs在组织神经肿瘤細胞外区、过防非金属氧化的物酶体和微体中的比率为高，防氧化的还原故宫场景酶抗逆性和甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性在MF类中DEPs的比率高（图2B）。与转录组毕竟相近，KEGG信号灯径路概述信息展示，大量DEPs在吸附拆解中含有，这当中3条最含有的经由是光合动物中的碳不变、碳吸附拆解和MAPK信号灯信号灯径路（图2D）。与此同时，利用概述GO统计比对数据库的CC对DEPs选择亚组织神经肿瘤細胞定位手机概述和注音（图2E），DEPs常见分布图制作在组织神经肿瘤細胞质（40.66%）、组织神经肿瘤細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），方法论上是GAs动物提炼的常见地理位置。

图2|血清质组的化学发光法数据分析和功能表查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物变为和较组获选DEGs和DEPs制做了维恩图，有20个区别把你想描述出来表观遗传组（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组总共的DEGs/DEPs去聚类算法探讨，发展mRNA和淀粉酶质左右有13个调涨表观遗传组和3个调低表观遗传组，DEGs与其说译成的DEPs把你想描述出来平均水平呈正一些，针对Pearson的一些常数探讨，在转录组和淀粉酶质组左右加测到相较高的一些性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测结局体现，E组和C组16个DEGs的体现技术水平差异性正相关，在其中9个为调涨DEGs，俩为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的体现动向与转录多组分析结局同步。

图3|脂肪酸质组的一定量定性分析和功能性认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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